L'Università degli Studi di Firenze, in particolare il Dipartimento SAGAS, collabora da tempo con il CAMNES e in molti settori.

A partire dal 2010 CAMNES è stato il partner ufficiale del progetto di scavo dell’Università di Firenze ad Erimi-Laonin Tou Porakou (Cipro) ora dell'Università di Torino. 

A partire dall'estate 2013 CAMNES assieme all'Università ha attivato un nuovo campo scuola archeologico a Petra & Shawbak in Giordania con la collaborazione del Prof. Guido Vannini e del Dr. Michele Nucciotti.

Con l'aiuto di alcuni professori del dipartimento SAGAS e con la collaborazione della Soprintendenza Archeologia della Toscana, CAMNES ha organizzato un importante Workshop  il 12 e 13 aprile 2013 dedicato all'Archeologia di Firenze e ne ha curato la pubblicazione degli atti.

CAMNES ha anche collaborato con l'Università nell'organizzazione del 16° SOMA (Symposium on Mediterranean Archaeology) intitolato "Identity and Connectivity", 1-3 marzo 2012 a Firenze. CAMNES ha inoltre curato assieme all'Università gli atti del simposio.

Nel 2015, in collaborazione con la Soprintendenza per i Beni Archeologici della Toscana e il Museo Egizio di Firenze, CAMNES ha organizzato con l'aiuto dell'Università, l'11° International Congress of Egyptologists dell'IAE (International Association of Egyptologists) e la pubblicazione degli atti.